Budynek Centrum Nauki Kopernik jest jednym z bardziej ekologicznych obiektów w Warszawie, a ogród jest jego integralną częścią. 50 % powierzchni całego obszaru Centrum Nauki Kopernik stanowi powierzchnia ekologicznie czynna, a zostało to osiągnięte m.in. poprzez zielony, ekologicznie czynny dach, minimalizowanie przeszkleń, tworzenie biotopów - samooczyszczających się małych zbiorników wodnych, mogących być wodopojami dla ptaków.